Formation Microbial Genomics en Nantes

La génomique microbienne et la métagénomique combinent les technologies de séquençage et l'analyse computationnelle pour profiler des communautés microbiennes, caractériser des génomes et détecter des traits fonctionnels tels que la résistance aux antibiotiques.

Cette formation dirigée par un formateur (en ligne ou sur site) est destinée à des chercheurs et bioinformaticiens de niveau débutant à intermédiaire souhaitant effectuer une analyse pratique de données de séquençage en génomique microbienne et métagénomique.

À la fin de cette formation, les participants seront capables de :

• Décrire les flux de travail de séquençage courants et les principaux formats de fichiers utilisés en génomique microbienne.
• Effectuer un contrôle qualité et un prétraitement des lectures NGS brutes.
• Réaliser un profil taxonomique en utilisant les approches basées sur des marqueurs et les k-mers.
• Assembler et annoter des génomes et plasmides microbiens.
• Détecter des SNP, construire des phylogénies et interpréter la structure de population.
• Prédire les gènes de résistance aux antimicrobiens et résumer les profils fonctionnels.
• Utiliser des flux de travail reproductibles avec Conda, Docker et des rapports basés sur des notebooks.

Format du Cours

• Conférences introduisant les concepts et outils (20%).
• Sessions pratiques avec des jeux de données d'exemple (60%).
• Discussions ouvertes et analyses guidées pour que les participants puissent appliquer les méthodes à leurs propres données (20%).

Options de Personnalisation du Cours

• Pour demander un atelier personnalisé axé sur la métagénomique clinique, environnementale ou industrielle, veuillez nous contacter pour organiser.